La tercera y presuntamente última parte de la saga de los mutantes favoritos de todos promete un climax al enfrentamiento ideológico entre Charles Xavier y Magneto cuando Worthington Labs, un laboratorio con instalaciones en la ex-prisión de Alcatraz, informa que ha desarrollado una "cura" para los mutantes. Con la aprobación del Presidente de los Estados Unidos y el apoyo del ejército, Worthington y sus médicos ofrecen a los mutantes que así lo deseen la oportunidad de renunciar a sus habilidades especiales para integrarse a la sociedad y poder llevar una vida "normal". Esta noticia sorprende a los X-Men en el peor momento posible... el equipo sigue devastado por la muerte de Jean Grey ( Famke Jansen ). Scott Summers/Ciclops (James Mardsen), novio de Jean y mano derecha del Profesor X/Charles Xavier (Patrik Stewart), parece haber perdido toda motivación y provoca la desesperanza de Storm (Halle Berry) y Wolverine (Hugh Jackman), cuando reniega de sus o...